Приведены результаты изучения аллелофонда местной хакасской лошади по 8 полиморфным системам крови и 17 локусам микросателлитов ДНК. Выявлена своеобразная генетическая структура популяции, включающая приватный аллель CA425P. Установлена степень генетических различий между поголовьем лошадей трех базовых хозяйств, в которых выявлены две генеалогические ветви, имеющие явные экстерьерно-конституциональные различия, что свидетельствует о довольно высоком генетическом разнообразии в популяции хакасских лошадей и больших возможностях при селекционно-племенной работе с ними. Определен уровень генетического сходства с другими породами лошадей. Проведен сравнительный анализ экстерьера воспроизводящего состава местных хакасских лошадей с показателями класса элита бурятской породы и минимальными требованиями модели желательного типа лошадей хакасской группы. Животные исследуемой группы превышали требования, установленные для класса элита бурятских лошадей по живой массе, у жеребцов на 56,0 кг (11,3 %), у кобыл - на 76,35 кг (15,7 %), но при этом уступали минимальным требованиям модели желательного типа соответственно на 54,00 и 33,65 кг (9,8 и 6,9 %). Коэффициент вариации по данному признаку в обоих случаях был высоким - 5,54 и 6,96 %.